O jogo viu Elliot Anderson defrontar os colegas de equipa do City, Joško Gvardiol e Mateo Kovačić, com os Três Leões a precisarem de um ponto.
O avançado Harry Kane tornou-se o jogador com mais internacionalizações por Inglaterra e o capitão marcou o golo da vitória na sua 126.ª presença pelo país.
Morgan Rogers marcou de perto um golo na primeira parte, mas Petar Sucic empatou na segunda parte, com Gvardiol a ter influência no golo.
Mas estiveram empatados apenas cinco minutos antes do penálti decisivo de Kane, após o VAR ter detectado uma falta sobre Jarell Quansah.
Isto significa que podem terminar em primeiro no Grupo 3 da Liga A se vencerem Espanha no último jogo, no domingo, após a vitória por 2-0 fora de casa contra a República Checa.
No Grupo 1, a Itália de Gianluigi Donnarumma subiu ao primeiro lugar após uma vitória por 3-1 sobre a França.
Rayan Cherki começou para os Les Bleus, mas apesar de terem chegado à vantagem aos 10 minutos, sofreram a derrota no San Siro e desceram para o segundo lugar.
Mas há muito em jogo no grupo, com ambos os países apenas um ponto à frente da Bélgica, que recebe a Itália na última partida.
Jérémy Doku ajudou os Red Devils a uma vitória por 2-1 em recuperação diante da Turquia.
Depois de terem sofrido um golo, o extremo fez um cruzamento para o seu antigo colega de equipa no City, Kevin De Bruyne, que disparou para o empate antes de serem finalmente vencedores do jogo.
Entretanto, numa partida de qualificação para a Taça das Nações Africanas, Iliman Ndiaye ajudou o Senegal a uma vitória por 4-1 sobre o Sudão, com o extremo a registar uma assistência.
