Os campeões da Bundesliga estavam a perder 1-0 frente ao Dortmund, após o golo de ao Marco Reus aos 32 minutos.
Mas aos 72 Robert Lewandowski empatou o jogo pela equipa de Pep Guardiola e a cinco minutos do fim Arjen Robben completou a reviravolta. O Bayern está assim no topo da tabela isolado do segundo classificado por quatro pontos.
Bayern regresso à acção nacional no próximo sábado, para enfrentar o Eintracht Frankfurt.
Na Serie A, a Roma foi derrotada pelo Napoli por 2-0.
Aos três minutos de jogo Gonzalo Higuain marcou pelo Napoli e José Callejon adicionou um segundo golo aos cinco minutos da segunda parte, deixando a Roma a três pontos da Juventus.
Com um encontro crucial contra o Bayer no Grupo E esta quarta-feira, os romanos precisam redescobrir a sua boa forma fisíca, a equipa disputa o segundo lugar do grupo com o City.
Roma irá enfretar o Torino, no próximo domingo.
Na Rússia, o o antigo jogador do City Javi Garcia desferiu um golpe nas esperanças do CSKA em vencer a Premier League russa.
O CSKA perdeu em casa contra o Zenit e Garcia marcou o que provou ser o único golo do jogo em apenas sete minutos - seu terceiro em apenas nove jogos .
Com o derby contra o Dinamo de Moscovo por jogar, o CSKA sabe que não podem perder mais terreno face aos líderes.